Folien

Ausgehend von den SNP Daten des KORA 500K Projektes wird der Zusammenhang zwischen der (per SNP) Call-Rate (CR) und Verletzungen des Hardy-Weinberg-Gleichgewichts (HWE) untersucht. Als statistische Werkzeuge kommen hierbei (realisierte randomisierte) p-Werte zum Testen des HWEs, die False Discovery Rate (FDR) und Schätzer für die Anzahl falscher Hypothesen (HWE Verletzungen) zum Einsatz. Mit Hilfe einer nach Call-Rate Klassen stratifizierten Analyse der HWE p-Werte wird gezeigt, dass der Anteil der SNPs, die sich nicht im HWE befinden, linear mit fallender Call-Rate ansteigt. Hierbei sind SNPs mit vollständiger Genotypinformation (CR=100%) annähernd perfekt im HWE. Dies kann so gedeutet werden, dass in der untersuchten KORA Population Verletzungen des HWEs auf Genotypisierungsfehler und nicht auf andere, das HWE beeinflussende Faktoren, wie beispielsweise Selektion oder Populationsstratifikation, zurückzuführen sind. Darüber hinaus zeigt die Analyse, dass die Verwendung eines einzelnen Schwellenwertes für HWE p-Werte als Kriterium zur Beurteilung der Genotypisierungsqualität ungeeignet ist und stattdessen verschiedene von der Call-Rate abhängige Schwellenwerte verwendet werden sollten.